Северное растение обнаружено на севере Московской области. Биологи нашли в Дубненском болотном массиве мелкоплодную клюкву. Эту ягоду специалисты находили в прошлый раз на этом месте около века назад, в 20-е годы. Обычно это растение населяет север таежной и юг тундровой климатической зоны.
В средней полосе мелкоплодную клюкву обнаружить довольно сложно, она занесена в Красную книгу Московской области, а также в Красные книги других регионов центра России: Калужской, Рязанской, Ярославской и Тверской. Ягода указана как вид, сокращающийся в численности. Меньше ее становится из-за сокращения площади сфагновых болот.